长期以来，根据培养的组织不同，目的不同，已设计了许多种培养基。初代培养能否进行增殖，培养基的选择是一个关键。培养基选择涉及基本培养基的种类，无机及有机成分，糖浓度，琼脂，特别是植物激素的种类和浓度。
MS培养基可以适用于许多植物的培养，但在大量组织器官培养中发现，由于其无机盐浓度较高，对某些植物来说出现了抑制生长甚至毒害作用，例如，扑虫堇（pinguicula moranensis）的叶，接种到1/2LS培养基中死亡率很高（LS和MS的无机盐一样），在1/5LS培养基中效果很好，而越橘的嫩茎在1/4MS培养基中生长良好，作为热带气生兰的许多种类均需要较低的盐浓度，KC培养基效果非常好。
糖类具有维持培养基渗透压的作用，在培养过程中，组织不断地从培养基中吸取糖，随时间增长，逐渐降低了糖的浓度，不能维持正常的渗透压，这种情况下应尽快将材料转移至新鲜的培养基，否则影响试管苗的生长。另外适宜的糖浓度对器官的发生也有重要作用。例如，低浓度的糖诱导肾蕨（Nephrolepis cordifolia）产生配子体，而高浓度诱导孢子体生。
在植物组织培养中所用的维生素类绝大部分为B族维生素，如硫胺素、烟酸、叶酸、生物素等，它们以各种辅酶的形成参与代谢活动，影响形态发生、分化及试管苗的生长。有的外植体或愈伤组织能自己合成各类维生素，但在没有研究和确定的情况下，一般均加入，以防缺乏。
植物生长调节物质，在试管苗增殖中起决定性的作用，由于植物体内源激素难以测定，因此，外源激素的加入靠一系列的试验来修正。下面叙述试管内增殖的三种不同途径和使用不同的植物生长调节物质。
（1）促进腋芽形成和生长的激素 高等植物的每一个叶腋中都b腋芽，在一定条件下可使它生长。现在知道顶端优势抑制芽的生长可被外源的细胞分裂素打破，所以在利用这条途径来增殖时，几乎都要加入细胞分裂素。由于细胞分裂素的持续作用，腋芽不断分化和生长，逐渐形成芽丛。反复切割和转移到新的培养基中继代培养，就可在短期内得到大量b芽。促进芽丛生长，在培养基中加入0.1～10.0mg/L的细胞分裂素，偶然也用较高浓度。大多数植物在1.0～2.0最适宜。应用最多的是6-苄基氨基嘌呤（BA），其次是激动素（6-糠基腺嘌呤，KT）和2-异戊基腺嘌呤（2ip），玉米素（ZT）用的较少，因它的价格太贵。
对于无菌短枝b增殖，因不是打破其顶端优势，不加细胞分裂素或加0.1以下也可。
除了细胞分裂素以外，培养基中还经常加入低浓度的生长素，以促进腋芽的生长，但要防止愈伤组织化。常用的生长素是萘乙酸（NAA）、吲哚丁酸（IBA）、吲哚乙酸（IAA），浓度在0.1～1.0mg/L。另外，有时还b入低浓度的赤霉素 ，以促进腋芽的伸长。
在实际操作中，一般高浓度细胞分裂素和低浓度生长素的配比，既能提高腋芽的增殖速度，也能保证腋芽健壮生长，为后续的生根移栽打下良好基础。如果细胞分裂素浓度过高生长素浓度过低，会形成过于细密的嫩芽，虽然提高了增殖速度，但苗多而弱，降低了芽的质量，不适宜作为生根或移栽用苗，这不免是一种浪费。甚至还会出现抑制芽发生的情况，例如，在月季的继代培养中将初代培养的无菌芽从原茎上剪下，转接到继代增殖培养基上，促进侧芽，以利于快速增殖。继代培养基用MS+BA1.0～2.0+IAA0.1～0.3(或NAA0.01～0.1)，这种比例对有的品种适宜，既利于增殖又利于壮苗。但这并不意味着促进腋芽的增殖必须同时需要生长素和细胞分裂素。许多情况下只用细胞分裂素也可以达到优质的增殖芽。
（2）诱导不定芽形成和生长的激素 除现有的芽之外，任何器官上的，通过器官发生重.形成的芽称为不定芽。促进外植体形成不定芽，要使用一定量的细胞分裂素和生长素，一般浓度不能过高。否则不但使器官分化能力降低，而且也使遗传性难以稳定。
诱导外植体形成不定芽时，一般使用细胞分裂素的浓度高于生长素浓度的配比，但也经常采用细胞分裂素和生长素.度的比值接近于1的配比。常用的细胞分裂素是6-苄基氨基嘌呤、激动素和玉米素，浓度在0.1～10.0。有的材料还需加入低浓度的2,4-D才能诱导不定芽的产生。具体应用时应查阅资料，并通过大量筛选来寻找最适当的细胞分裂素和生长素种类和浓度的配比。但总的原则还是如上所述，不能片面追求增殖率，既要求一定的增殖率，也要保证小苗的质量。
（3）促进胚状体的形成和繁殖的激素 胚状体途径的优点是增殖率高，而且同时具有胚根和胚芽，可免去生根。现在胚状体发生还不普遍或产生的胚状体难以成株或成株率太低，以及遗传性尚不稳定，故仅在有苤参镏杏τ谩Ｒ话闶窃诤有丰富还原氮的培养基上，加有生长素，特别是2,4-D以诱导胚状体的发生，然后转移到降低浓度或没有生长素的培养基上使其成熟、萌发和生长。
培养基中，还可加入其他附加成分，如氨基酸，水解乳蛋白（LH）300～500mg/L，水解酪蛋白（CH）200～500mg/L，以及腺嘌呤（ADE）1～80mg/L等，以促进试管苗的生长。
