无菌的外植体材料是植物组织培养成功的重要前提和根本保证。而消毒，是获得无菌外植体的有效方法，它通过一些表面消毒剂来杀死植物材料表面的微生物，又尽可能保持植物材料的生命力。因此，消毒处理是植物组织培养工作中的重要一环。
一、常用消毒药剂
表5-2是目前常用的消毒剂，其使用浓度和时间因外植体而异，需经实验确定。

70％-75％酒精DD具有较强的穿透力和杀菌力，通常外植体进入15-30s即可。常作为表面消毒的第一步，它具有浸润和消毒的双重作用，但不能达到彻底的消毒，必须结合其他药剂消毒。有时，为了提高乙醇的消毒效果，可在乙醇溶液中加入0.1％的酸或碱，因为H＋和OH－可改变细胞表膜带电荷的性质而D加膜透性，提高乙醇的消毒效果。
升汞（HgCl2）DD是有剧毒的重金属盐消毒剂，其消毒原理是Hg2＋可与带负电荷的蛋白质结合，使菌体蛋白变性，酶失活。其使用浓度为0.1％-0.2％，一般浸泡6-12min，就可有效的杀死附着在外植体表面的细菌及真菌芽孢，是一种极有效的消D剂，消毒效果极好。但用升汞灭过菌的外植体材料要用无菌水反复多次冲洗，洗去残留的升汞，否则对培养的外植体会产生毒害作用。通常用无菌水冲洗不得少于5次。
次氯酸钠（NaClO）DD用市售的“安替福民”配制2％-10％的NaClO，消毒时只需浸泡5-30min，再用无菌水冲洗4-5次即可。由于它可分解出具杀菌作用的氯气，消毒处理后易于除去，不留残留，既有强杀菌力，又对植物无害，是组培中常选用的消毒剂之一。
漂白粉D一种常用的低毒有效的消毒剂，一般含10％-20％（重量/体积）的Ca(ClO) 2，使用浓度一般为5％-10％或其饱和溶液。它易吸潮散失有效氯而失效，故要密封贮藏，但不能贮藏太久，应随配随用。
双氧水或称过氧化氢DD常用6％-12％的双氧水溶液处理外植体材料，消毒效果也相当好，该药剂在外植体表面容易加水除去，又不会损伤外植体，通常用于叶片的消毒。
新洁尔灭DD新洁尔灭是一种谱表面活性消毒剂。它对绝大多数植物外植体伤害很小，效果很好。通常使用1：200稀释液，刷洗、浸泡外植体30min，甚至可更长的时间。
在用上述药剂进行接种材料的消毒处理时，为了使杀菌剂湿润整个组织，还需在药液中加入润湿剂。如加入数滴0.1％的湿润剂吐温（Tween）80或吐温20。有时还可以用磁力搅拌、超声振动等方法使杀菌剂达到外植体表面，消毒彻底。
为了使植物材料消毒彻底，一般先用自来水冲洗10min，表明不光滑或长有绒毛难以洗净的材料，要冲洗1-2h，并且用洗衣粉或洗洁精溶液洗涤，必要时用毛刷充分刷洗。
洗后的材料用滤纸吸干水分，然后浸泡于消毒药剂，时间长短、浓度高低根据材料而定。一般宜选用两种消毒剂交叉进行。例如先用70％酒精浸几秒（有些材料可浸较长时间），再浸入10％次氯酸钠溶液5-15min，随之用无菌水冲洗3次以上。消毒灭菌的步骤根据材料试验，取效果好、毒害小的一种