（一）茎尖、茎段及叶片等的消毒
植物的茎、叶部分多暴露在空气中，易受到泥土、肥料中的杂菌污染，消毒前需先经自来水较长时间的冲洗，特别是一些多年生的木本植株材料，冲洗后还要用沾有肥皂粉或洗洁精（或吐温）的软毛刷进行刷洗。消毒时先用75％酒精浸泡10-30s，以无菌水冲洗2-3次后，按材料的老、嫩和枝条的坚硬程度，分别采用2％-10％的NaClO溶液或0.1％HgCl2浸泡10-15min；若材料表面有茸毛或凹凸不平，最好在消毒液中加入几滴吐温80，消毒后再用无菌水冲洗3-4次后方可接种。
（二）果实和种子的消毒
视果实和种t的清洁程度，先用自来水冲洗10-20min，甚至更长时间。再用70％酒精迅速漂洗一次。果实用2％NaClO溶液浸10min，后用无菌蒸馏水冲洗2-3次后，就可取出果实内的种子或组织进行培养。种子则先要用10％NaClO溶液浸泡20-30min，对难以消毒的还可用0.1％升汞或1％-2％溴水消毒5min。
（三）根及地下部器官的消毒
由于它们长在土壤中，可预先用自来水冲洗、软毛刷刷洗，再用纯酒精漂洗后，置于0.1％-0.2％升汞浸5-10min或2％NaClO溶液浸泡10-15min，然后以无菌水冲洗3次，用无菌滤纸吸干水分即可接种。若条件许可，还可将材料浸入消毒液中进行抽气减压，以帮助消毒液渗入，达到彻底消毒的目的。
（四）花药的消毒
通常用于组织培养的花药，实际上多未成熟，由于它的外面有花萼、花瓣或颖片保护，基本上处于无菌状态，故只需将整个花蕾或幼穗消毒既可以了。一般用70％酒精浸泡数秒钟，然后用无菌水冲洗2-3次，再在漂白粉上清液中浸泡10min，经无菌水冲洗2-3次即可接种。