植物组织培养是在无菌条件下进行，如果环境清洁和消毒不好，易造成组培苗污染，严重时可全军覆灭。因此，对周围环境进行定期的清扫及消毒，以保证培养环境清洁、整齐、无尘，对植物组织培养具有十分重要的意义。要保持环境的清洁，首先进入组培室的所有人员要换上干净卫生的拖鞋，拖鞋应放在组培室缓冲间的鞋架上．鞋架及所用拖鞋每星期要用消毒液消毒及清洗至少一次。其次，准备室、组培室、无菌操e室(包括门、窗、墙壁、走道以及每个角落)必须随时都保持干净，每天下班前要认真打扫卫生，每隔两天还要用洗衣粉水或来苏水拖地消毒一次。
 组培室除了要随时保持干净外，还必须定期消毒，因为空气中会有一些致使培养基污染的微生物。走道、准备室、每天用臭氧灭e机杀菌l～2h。培养室、无菌操作室用紫外线杀菌，接种室在每次开机使用前应打开紫外灯进行消毒。整个组培室每星期用福尔马林(40％甲醛)加少量高锰酸钾密闭熏蒸一次，这样可保持环境清洁，减少污染。熏蒸消毒后间隔1d以上再进入室内操作，否则对人体会有一定的危害。从环保的角度出发，最好选用对人体及环境影响较小的化学药剂或物理方法进行，如酒精、紫外灯等。培养和接种室在阴雨季节还要进行定期的抽湿，以降低空气湿度，防止由于空气中微生物的大量繁殖，引发环境污染造成的组培苗大量污染。