目前我国百合育种及百合新品种市场投放存在的主要问题有如下几个方面。
     种质资源库有待于完善
     我国的百合育种研究无论是收集国内的野生资源，还是引进国外的新种质，都缺少明确的目的和计划b收集资源以后，并未作深入、系统的研究。国内迄今尚未建立一个较为完善的种质资源库。目前我国进行百合种质资源收集与研究的单位不少，如中国农业科学院蔬菜花卉研究所、云南省农业科学院花卉研究所、成都西星生物农业科技有限公司、西北农林科技大学、沈阳农业大学、南京林b大学、中国科学院昆明植物所等等。他们的共同特点是：收集量小（每个单位不超过300份），系统性差（没有选择与分类，未形成核心种质），甚至如何保存这些种质，都没有一个详细的计划。事实上，百合资源的田间保存和离体保存尚有大量技术问题需要解决。
     育种目标需明确重点
     很多育种者在进行杂交时，没有明确的目标，这容易造成对杂交后代的测试与考察没有重点，不易筛选出好的株系。
    另一方面，应当在充分了解前人和国外同行已有工作的基础上，详细制定自己的杂交计划。不要做违背规律的事。例如，根据迄今荷兰植物育种与繁殖研究中心（CPRO－DLO）的统计，百合的三大杂种系（A －亚洲百合，L－铁炮百合、O－东方百合）之间成功获得杂交后代的组合为： L（♀）×O（♂）、L（♀）×A （♂）、O（♀）×A （♂），而反向杂交均未获得结果。拼耍在进行百合种间杂交时，应首先选择上述三个方向的组合。

     我国百合育种目前应侧重的方向包括，耐热、耐盐碱、耐低温、耐弱光照、抗病、无花粉等。
     育种年限应保证充足
    据荷兰皇家范赞塔公司的一名技术人员介绍，该公司每年进行杂交授粉，约得到25万株杂交苗，一年后选出约1万棵苗，再一年后，大约可选出200个单株，最终可能从中得到1～3个好椭晗怠＃ㄗ：该公司在荷兰百合育种公司中仅排第四位）因此，大规模杂交，长期反复选择优株，是持续推出新品种的根本保证。企图随便、少量做一些组合，就能“碰”出一个好品种，是不可能的。
     另一方面，百合育种方法目前仍应以常规杂交为主，而转基因手段目前主要用于抗病、抗虫育种等。目前，全球尚未见有转基因百合品种投放市场。
     百合育种耗时长（根据荷兰同行的经验，从杂交授粉到推出一个新品种，需要大约12年），费精力。我国的百合育种尚有很多细节需深入研究，所以业内人士需要耐心，切忌浮躁和急功近利。
     新品投放环节有待规范
    一个百合新品种推向市场，是一个较为复杂的过程，需要经过选定的材料病毒检测，脱病毒原种球消毒，脱毒原种球剥鳞片试管接种，试管子鳞茎扩繁，子鳞茎移栽于隔离环境中养成那颍脱毒原种大球剥鳞片繁殖，鳞片扦插子球移栽田间养成商品球等一系列过程。
    我国在这一领域面临很多技术问题，其主要问题集中在以下环节：
    起始材料的生产。目前认为正确、高效的方法是：试管接种鳞片，在黑暗条件下，直接诱模并扩繁小鳞茎。但国内有些地方仍以常规生产组培苗的方式培养材料，用这种方法生产起始材料，进程极为缓慢。
    脱毒原种移栽。为避免接触病毒，应将脱毒原种子球放在完全隔离的设施内，且必须使用人工基质，而非天然土壤。但国内有很多地方将已脱除病毒的材料直接移栽到非隔离环境中，甚至移栽到土壤中养护，这是完全不合理的。
     商品种球种植地的选择。除了土壤条件以外，一定要了解前茬作物，甚至前几茬作物的情况，不要选择前茬种植马铃薯、洋葱等地下芽茎类作物的地块，否则，易感染病毒或其他病害。在我国尤其是云南，很多花农常常在前茬种植烟草和马铃薯的地块继续种植百合，从而将相关病毒传染给百合。
    种球的田间养护管理。除了正确选择前茬作物的地块外，土壤改良、土地整理等一定要精细。目前国内百合种球生产地，大多存在土地整理粗糙的问题。
    总之，荷兰同行的忠告值得重视：百合种球的生产，关键问题不在组培室，而在田间。