继代培养指在组织培养过程中，当外植体被接种一段时间后，将已经形成愈伤组织或已经分化成茁的培养物重新切割，转接到新鲜的培养基上，进一步扩大增殖培养的过程。在进行继代培养时，要根据生长习性及品种特点，来确定继代时间和继代培养基，对一些生长速度比较快或者繁殖系数高的种类，如满天星、非洲紫罗兰等，继代时间比较短，一般不能超过15d。对生长速度比较慢的种类，继代时间就要长一些，如非洲菊、红掌等，30-40d才需转瓶继代。当然，继代时间也不是一成不变的，它要根据当时的培养目的、环境条件及所使用的培养基配方进行考虑，若是在前期的扩繁阶段，为了加快繁殖速度和尽快增大繁殖量，可以当苗才分化时，就切割继代，而无需待苗长到很大时才进行继代。反之，若是在保持一定繁殖基数的前提下，进行定量生产时，为了有更多的大苗可以用来生根，可以间隔较长的时间继代，达到既可奈持一定的繁殖量，又可以提高组培苗产量目的。继代培养基的使用，要根据品种的长势来确定。除了种类的差异外，有时，同一种类的不同品种间所用的培养基也有很大的不同，如香石竹品种马斯特在BA大于0.2mg／L时，连续使用几代就出现丛生变异；而兰贵人等品种在0.5mg／L时多次拇丛生现象也不明显。另外，为了保证组培苗在继代培养期间质量不下降，不同激素浓度的培养基交替使用同样很重要。
       同时，在继代培养中增殖率、变异、污染控制、玻璃化等因素会影响组培苗生产的效率及经济效益。首先增殖率，也就是繁殖系数，指每块外植体在单位时间内增殖的倍数。每种植物的增殖率各不相同，在生产时要进行试验比较，通过对激素水平的调整，寻找出增殖系数最高、变异系数最低的激素用量及配比。多数以顶芽或腋芽增殖方式扩繁的植物，进行多代培养后仍能保持比较旺盛的繁殖能力，因此丧秃拖魅踉鲋沉Φ奈侍獠皇欠浅Ｃ飨浴５在继代转接时，易出现潜在性污染，使生长势削弱，增殖率降低。潜在性污染的控制十分困难，每次操作都须小心认真。有人将月季继代5年之后，仍然保持较好的生长。对组培中的无芽外植体如愈伤组织及细胞团，其形态发生能力很容易在继代时减弱和丧失。其次，变异现象在不断进行继代时，由于激素和环境等多种因素的作用，也会产生从外部形态到内在染色体数目和结构的变异。为了减少变异的发生，一方面尽量不使用愈伤组织诱导激素2，4 -D，因为它的诱变率非常高；另一方面，在继代增殖时不能只考虑增殖率而盲目提高细胞分裂素的用量，要两者兼顾。同时继代的次数最好不要太多，一般在1～2年内需进行种源更换。玻璃化现象在组培生产中很常见，它与培养基的硬度、环境条件、激素水平、培养瓶的透气状况、品种等多种因素有关。还有污染问题对继代培养是否成功起着关键性的作用。