已经灭菌完毕的培养基从高压灭菌锅中取出后，立即放在平整的台面上，若大批量生产可用果箱装好并标记好其用选后，送到接种室，让其自然冷却凝固。灭好的培养基最好经过3d的预培养，以便观察培养基是否彻底灭菌，这样能够使某些因为没有彻底灭菌的培养基，在接种前被检出，可厦庠泳污染而造成不必要的损失，这点对少而重要的材料尤其值得注意。但是在同等条件下经多次使用无污染后，就没必要再摆3d后才使用，而是冷却凝固后就可使用了。
(1)防尘  已经灭好菌的培养基要注意防尘。如果培养基在卫生条件差的地方贮存，依附在尘埃中的细菌真菌等会落在培养瓶表面，使用前若不进行表面灭菌处理，在接种时就容易随着气流进入容器，使其受到污染，影响组织培养工作的顺利进行，因此培养基必须放在干净、卫生的接种室内。
(2)避光  备用培养基应贮于光线较暗的房子里面，因为吲哚乙酸等某些物质易见光分。在光照下，一些培养基添加物的成分也会发生变化。在接种室里挂上较厚的窗帘或在培养基的箱子上加盖厚的黑布，这样可以使培养基免受光线的影响。
(3)恒温  培养基冷却后，可以将其放在10℃左右的冰箱中贮藏3～5周；在大批量生产中可以放在装有空调的接种室内，放2周左右，温度控制在20℃以内；若摆放时间为2～5d，温度不超过28℃即可。但是在培养基摆放过程中温度不应过高，同时还应避免温度有较大幅度的变化，随着贮藏室气温的升高或降低，装有培养基容器内的空气会跟着膨胀或缩小，带来菌类进入培养基，造成贮藏期间培养基的大量污。
(4)定期更新  培养基不宜长期贮存，特别是固体培养基。随着时间的推移，培养基里的水分以气态选出，培养基的含水量便逐渐降低，使培养基的浓度和理化性状发生改变，对以后的外植体培养或植株的继代转接及生根培养均不利；培养基贮存过长，空气中夹杂的细菌、菌也可能降落到培养基表面引起污染；当贮藏含有吲哚乙酸、椰乳等物质的培养基时，环境中的光线会使吲哚乙酸发生光解，也会使椰乳所含的一些成分发生变化。因此结合生产任务做好培养基的配制和使用计划十分必要，一般情况下培养基贮存时间不应超过1周。