国家下拨用于支农的各项专项资金对于促进农村发展、加强农业基础设施建设、提高科技含量、增加农民收入、改善农村生产、生活条件，提高农民生活水平起到了很大作用。通过几年来对支农专项资金的审计检查发现，这些资金在使用中仍存在不少问题。

 　　存在的主要问题审计发现，支农专项资金存在的问题主要包括：地方财政配套资金不足，甚至有的搞虚假配套，有的是将配套改为自筹，把地方配套资金转移嫁到农民身上，加大农民义务工比例，增加了农民负担；财政资金在拨付过程中滞留时间长、金额大，特别是在县一级财政问题更为突出；随意改变项目，个别项目因资金拨付到位晚，过了施工季节，原项目已不适宜，不得不改项，错过了发挥效益的机遇；挤占挪用资金，有的用于平衡预算、有的用于弥补行政经费、还有些用于建房买车等；有偿资回收率低；主管部门擅自提取或收取项目管理费；财务管理不够规范，执行财政资金报账制程序上、手续上不严谨，存在大额提现问题；票据管理不规范，存在用大量白条或用当地税务部门代开正规票据弄虚作假，套取专项资金，侵占国家资金。

 　　应采取的对策专项资金的管理和使用要列入政府主要领导和项目单位“一把手”目标责任制。签订责任状，制定专项资金考核量化指标，有计划地连续性考核，不达标的要追究其责任；应实行专项资金公示制。包括立项时的公示、工程完工时的公示、征求所在单位及所在地群众意见的满意」示，增加透明度。还要实行工程招投标制度。通过公开招标，选择有资质的单位共同投标，实行市场竞争机制，以花最少的钱做最好的工程。在财务上可实行专项资金的报账制。实行报账制可以规范财务手续、工程验收手续、资金拨付手续，做到各部门之间互相监督、互相制约。对物资」阂实行专项物资政府采购制。通过集中采购，缩小中间环节，减少中间费用，节约资金。