一、组培苗的褐变
很多种类的植物体中含有大量多酚类化合物，切取芽时的创伤会激活组织中的多酚氧化酶，将多酚类物质氧化为棕褐色的醌类物质，使外植体的切口处发生褐变，产生可见的茶色、褐色或黑色，此即谓“酚污染”。醌类物质会渗透到培养基中，使培养基褐化，其墓是严重影响培养物的生长和分化，甚至造成培养物死亡。在木本植物，尤其是热带木本植物及少量草本植物中，此现象较为严重。
二、影响褐变的因素
植物的种类褐基因型、外植体的来源和生理状况以及培养基的成分都会不同程度的影响褐变的程度。一般木本植物的外体比较容易产生褐变现象，在成年树尤其严重。培养基中含酚过高会导致褐变，含过高浓度的无机盐和肌醇也会加剧外植体的褐变。6-苄氨基嘌呤（6-BA）和激动素（KT）也有诱导褐变的作用。强光和高温同样会促进褐变现象。
三、防治褐变的方法
1、在培养基中加入抗氧化剂是防止褐变的有效措施。
常用的抗氧化剂有抗坏血酸（VC）、柠檬酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇和聚乙烯吡咯烷酮（PVP）等，该类药剂一般需用浓度为50-200mg/L。具体方法如下：
（1）用经过滤灭菌的抗氧化剂溶液洗涤刚切割的外植体伤口表面；
（2）将抗氧化剂加入固体培养基的表层；
（3）将刚切割的外植体浸入其中一定时间，
（4）或者在抗氧化剂溶液中切割和剥离外植体。
（5）必要时还可以将几种抗氧化剂结合使用。
2、在培养基中加入活性炭，吸附对生长有抑制作用的褐色醌类物质。
一般跷，活性碳主要吸附非极性物质及色素大分子，可以减少一些有害物质的影响，但是具体吸附的选择性很差，温度低时吸附力增强，温度高时吸附力减弱，甚至会解吸附。通常活性炭的使用浓度为0.5-10g/L。大量活性炭的加入会削弱琼脂的凝固能力，因此要多加些琼脂；很细的活性炭容易沉淀，因此通常在琼脂将要凝固时，需轻轻摇动培养瓶；应当注意的是：活性炭也能吸附培养基中的激素类物质，影响茎尖的分化和生长，因此在使用活性炭的场合，需要适当提高培养基中激素的浓度。
3、不断地（每隔1～2d）将培养物转移到新鲜的培养基上，以摆脱老培养基中咨物质的不利影响。在使用液体培养基的情况下，这种方法相当有效。
4、为了防止外植体的褐变，需要选取酚类化合物含量较低的实验材料，选 择无机盐含量较低，不加肌醇的培养基，并在较弱的光线或黑暗的条件中进行培养。
5、易发生褐变的植物在进行组织培养时，先进行预培养（即培养在基础培养基中）2-3天（如果分泌物多，如利用花魔芋的球茎进行组织培养时，适当延长预培养时间并多次更换培养基），再培养到添加了激素的培养基上。