1.茎段和叶片的消毒
植物的茎和叶多暴露于空气中，并且常带有毛、刺等附属物，在栽培上又受到泥土、肥料中杂菌污染，因此在消毒前要用自来水流水冲洗较长时间，然后用沾有肥皂粉或洗洁精的软毛刷刷洗，吸干水分后，再用75%的酒精浸泡10~30s，立即用次氯酸钠溶液浸泡10~15min消毒（按照材料的老嫩和枝条的坚实程度而定）；或用0.1%的升汞浸泡5~12min。如果材料表面不平或者有绒毛，可在灭菌液中加几滴Tween-80以强化灭菌效果。材料灭菌后应立即取出，用无菌水冲洗3~5次，用升汞处理的冲洗5~8次，然后用无菌滤纸擦拭干净或沥干，再进行切割和接种。
2.果实及种子的消毒
消毒前，果实或者种子先用自来水清洗，清洗时间根据材料的洁净程度而定。一般10~20min，然后用纯酒精迅速漂洗一次。果实用2%的次氯酸钠溶液浸泡10min后反复用无菌水冲洗，再剖出内部的种子或组织进行接种。对于单个的种子灭菌时先用10%次氯酸钠溶液浸泡20~30min，再用10g/L溴水浸泡5min，然后用无菌水漂洗几次，最后剖出胚或胚乳进行接种。
3.根及地下储藏器官的消毒
这类材料可先用自来水冲洗干净，然后用软毛刷刷洗，用滤纸吸干后再用纯酒精漂洗，接着用20g/L次氯酸钠溶液浸泡20~30min消毒，最后用无菌水漂洗3~4次，滤纸吸干后即可进行接种。
4.花药的消毒
用于组织培养的花药，按小孢子发育时期要求，实际上大多数没有成熟，花药外面有萼片、花瓣或颖片保护着，通常处于无菌状态。所以一般只对整个花蕾或幼穗进行表面消毒。消毒时先去掉花蕾的萼片，用70%酒精擦洗花瓣，然后将整个花蕾浸泡在饱和漂白粉上清液中10min，再经无菌水清洗2~3次，即可接种。