当材料增殖到一定数量后，就要使部分培养物分流到生根培养阶段。若不能及时将培养物转到生根培养基上去，就会使久不转移的苗子发黄老化，或因过分拥挤而使无效苗增多造成抛弃浪费。根培养是使无根苗生根的过程，这个过程目的是使生出的不定根浓密而粗壮。生根培养可采用1／2或者1/4MS培养基，全部去掉细胞分裂素，并加入适量的生长素(NAA、IBA等)。

诱导生根方法
①将新梢基部浸入50或100×10-6I IBA溶液中处理4―8h；②在含有生长素的培养基中培养4-6d；③直接移入含有生长素的生根培养基中。上述三种方法均能诱导新梢生根，但前二种方法对新生根的生长发育则更为有利。而第三种对幼根的生长有抑制作用。其原因是当根原始体形成后较高浓度生长素的继续存在，则不利于幼根B生长发育。不过这种方法比较可行。
另外也可采用下列方法就可生根：①延长在增殖培养基中的培养时间；②有意降低一些增殖倍率，减少细胞分裂素的用量(即将增殖与生根合并为一步)；③切割粗壮的嫩枝在营养钵中直接生根，此方法B没有生根阶段。可以省去一次培养基制作，切割下的插穗可用生长素溶液浸蘸处理，但这种方法只适于一些容易生根的作物。
另外少数植物生根比较困难时，则需要在培养基中放置滤纸桥，使其略高于液面，靠滤纸的吸水性供应水和营养B从而诱发生根。 从胚状体发育成的小苗，常常有原先已分化的根，这种根可以不经诱导生根阶段而生长。但因经胚状体途径发育的苗数特别多，并且个体较小，所以也常需要一个低浓度或没有植物激素的培养基培养的阶段，以便壮苗生根。
试管内生根壮苗的阶段，为了成功地将苗移植到试管外的环境中，以使试管苗适应外界的环境条件。通常不同植物的适宜驯化温度不同。如菊花，以18～20℃为宜。实践证明植物生长的温度过高不但会牵涉到蒸腾加强。而且还牵涉到菌类易滋生的问题。温度过低使幼苗生长迟缓，或不易"活。春季低温时苗床可加设电热线，使墓质温度略高于气温2～3℃，这不但有利于生根和促进根系发达，而且还有利于提前成活。
移植到试管外的植物苗光强度应比移植前培养有所提高，并可适应强度较高的漫射光，(约4000h左右)，以维持光合作用所需光照强度。但光线过强刺激蒸腾加强，会使水分平衡的矛盾更尖锐。